ヤマト保安部を束ねていた星名は第65護衛隊の再編に伴い防衛司令本部へ異動、若干26歳の若さで保安部長を拝命した。藤堂統括司令長官から密かに言い渡された使命は、軍内部に潜む“デザリアムの同調者”を探り出すこと。その首魁が情報部長、藤堂信乃宙将であることを探り当てた矢先、デザリアム軍が地球侵攻の火蓋を切った。防衛司令本部が陥落するなか、星名は藤堂の言葉に従い、妻百合亜と共に地球を脱出しようとするが──