「サーシャ、落ち着くんだ! 勇気と無謀は違う。事は重大だ」
「彼女の子を頼む……古代、手放すなよ。おまえの愛する者を」 二年前のデスラーの言葉に応えられなかった無念を抱えガルマン星へ降り立った古代進は、17歳に急成長したサーシャと再会する。激化するボラー連邦とガルマン・ガミラスの領土間紛争、ヤマトが持つ「純正波動コア」の異常なパワー、そして「ウラリアの魔女」が引き起こす寒冷化現象……矢継ぎ早に起きる宇宙規模の非常事態に対処しながら、古代は残された唯一の家族、サーシャに向き合って行く。