文官出身でありながら、ガミラス戦争から今日まで防衛軍のトップを勤め上げた重鎮。デザリアムの進駐に伴い、実妹の藤堂信乃に長官職を譲り第一線から退いた。だがそれも束の間、藤堂平九郎は腹心の芹沢と共にその消息を完全に絶った。現在藤堂はパルチザンとの関係を取りざたされ指名手配の身となっているが行方は杳として知れない。地下に潜伏し抵抗活動の指揮を執っているものと思われる。