文官出身の防衛軍トップ。大局的な見地で静かに事を動かす人物。 藤堂自身の肝いりで発足させた〈第65護衛隊〉を自ら再編し、古代をはじめとする艦長たちを解任した。「イスカンダル事変」の責任を内外に示した形だが、藤堂は多くを語らない。 波動実験艦銀河の艦長、藤堂早紀はひとり娘。 ガミラス戦争の初期に亡くなった妻・千晶に代わって早紀を男手で育て上げた。