星間戦争で深く傷ついた土星を蘇らせるため、藤堂早紀はいま〈修復艦隊〉を率いて現地調査を行っている。旗艦の〈銀河〉には、ヤマトの艦長を解任された古代進が「土星修復計画監察官」の肩書で同行していた。土星宙域に、争いとは無縁の穏やかな時間が流れる──だが、それを破ってデザリアムの地球侵攻が始まった。古代は、そして武器を使用することができない戦艦〈銀河〉を預かる早紀は、どう動くのか?