「我々人類は、屈服を強いるものには断じて膝を折らない。たとえそれが、我々自身の未来であったとしても」
山南は来るべき日に備え、藤堂長官直轄の「特別任務隊」を編成し、イカルス天文台で旗艦ヤマトの秘匿と改装を主導していた。 指揮下の艦が次々とデザリアムに拿捕されるなか、山南はついにヤマト単独の出撃を決断。隊司令として戦闘を指揮し、ゴルバ・エナムを撃破。失意に暮れる古代進を解任し、自らヤマト新艦長となった。