異常位相化状態となった〈ヤマト〉は「黒ヤマト」と呼ばれる。これはエレメントの作用で波動コアの余剰次元振動が転換モードから収縮モード優先へ遷移した状態と推測される。この仮説に基づくなら、本来亜空間で行うべきプロセスが通常空間に漏出した「誤った発生状態」といえる。ただし、これは完全に振動モードが切り替わった状態ではなく、展開モードも残留しているため、両者が競合する不安定な非平衡状態にあると考えられている。
位相化が始まるとコアは黒く染まり、赤い稲妻を放つ。負のエネルギーを発生する波動エンジンは艦内のエントロピーを死熱化させ、次元境界面の不安定化による亜空間へのエネルギー流出を引き起こすことで、周囲に強烈な寒冷化をもたらす。
船体外観の変貌は、観測状態の反転により船体構成物質が通常空間から亜空間適合状態へと再構成された結果とも考えられている。