時に西暦2207年。あのガミラス本星とイスカンダル星が消滅した事件から二年――。

突如、太陽系に謎の巨大物体〈グランドリバース〉が出現した。
地球防衛軍の善戦虚しく、幾重もの防衛網を易々と突破した〈グランドリバース〉は、
悠然と地球の新首都へと降下したのである。

音も無く出現する降下兵の群れ。上陸する多脚戦車。瞬く間に首都は制圧されてゆく。
もはや地球には抗う術はないのか――。

そのとき旧ヤマト艦隊クルーに極秘指令が下った。
「ヤマトへ集結せよ!!」

そこに聞こえてくる謎の歌声。「帰ってきた」と呟く謎の男。
果たして侵略者の驚くべき正体とは!?
人類の命運を賭けて、いま未踏の時空へと宇宙戦艦ヤマトの航海が始まる。

時に西暦2207年。あのガミラス本星とイスカンダル星が消滅した事件から二年――。

突如、太陽系に謎の巨大物体〈グランドリバース〉が出現した。
地球防衛軍の善戦虚しく、幾重もの防衛網を易々と突破した〈グランドリバース〉は、悠然と地球の新首都へと降下したのである。

音も無く出現する降下兵の群れ。上陸する多脚戦車。瞬く間に首都は制圧されてゆく。もはや地球には抗う術はないのか――。

そのとき旧ヤマト艦隊クルーに極秘指令が下った。
「ヤマトへ集結せよ!!」

そこに聞こえてくる謎の歌声。「帰ってきた」と呟く謎の男。果たして侵略者の驚くべき正体とは!?
人類の命運を賭けて、いま未踏の時空へと宇宙戦艦ヤマトの航海が始まる。

第一章　黒の侵略　あらすじ

第一話 
「秘密作戦発動！ 新ヤマトへ向かえ!!」

時に西暦2207年。突如太陽系に侵入した巨大物体〈グランドリバース〉が、幾重もの防衛網を突破し地球・新首都へと降下を果たした。未曾有の事態に、古代進を始めとする旧ヤマト艦隊クルーに密かに指令が下る。「ヤマトに集結せよ!!」果たしてその言葉の意味とは――!?

第二話 
「静かなる侵略・銀河よ武器をとれ！」

それは2年前にヤマトが遭遇した敵・デザリアムによる地球侵攻だった。彼らに内通する一派により、地球防衛軍司令部は無力化されてゆく。無数の降下兵により戦渦に包まれる新首都で、からくも再会を果たした古代と雪。しかし愛するふたりには悲劇が待ち構えていた……。

第二章　赤日の出撃　あらすじ

第三話 
「衝撃！ デザリアム暗黒の千年史」

新都での戦闘は終結した。戦いの傷跡が残る都市を見下ろすようにそびえるグランドリバースで、デザリアムの聖総統スカルダートは、彼らの千年に及ぶ歴史を語り始める。彼らの正体とは!?

第四話 
「号砲一発！！ 新・宇宙戦艦ヤマト始動」

地球圏を脱したアスカは、イカルス天文台へ辿り着いた。そこには新生・宇宙戦艦ヤマト、そしてイスカンダル王族の忘れ形見――雪を失った古代進にとって唯一の家族サーシャが待っていた。

第五話 
「激突！透明戦艦を叩け!!」

デザリアムに同調する者と反発する者、さまざまな思惑のなか彼らの地球入植が開始された。一方、第11護衛隊の捜索にあたるヤマトを戦艦グロデーズが急襲する。透明な敵を相手にどう戦うのか!?

第六話 
「アルフォン潜入！サーシャを取り戻せ!!」

雪を失い精彩を欠く古代は艦長職を解任。そんなおり再びグロデーズがヤマトに陽動を仕掛け、デザリアムの情報部将校アルフォンが乗り込んでくる。目的は［イスカンダルの欠片］だった――!!