時に西暦2207年。あのガミラス本星とイスカンダル星が消滅した事件から二年――。

突如、太陽系に謎の巨大物体〈グランドリバース〉が出現した。
地球防衛軍の善戦虚しく、幾重もの防衛網を易々と突破した〈グランドリバース〉は、
悠然と地球の新首都へと降下したのである。

音も無く出現する降下兵の群れ。上陸する多脚戦車。瞬く間に首都は制圧されてゆく。
もはや地球には抗う術はないのか――。

そのとき旧ヤマト艦隊クルーに極秘指令が下った。
「ヤマトへ集結せよ!!」

そこに聞こえてくる謎の歌声。「帰ってきた」と呟く謎の男。
果たして侵略者の驚くべき正体とは!?
人類の命運を賭けて、いま未踏の時空へと宇宙戦艦ヤマトの航海が始まる。

時に西暦2207年。あのガミラス本星とイスカンダル星が消滅した事件から二年――。

突如、太陽系に謎の巨大物体〈グランドリバース〉が出現した。
地球防衛軍の善戦虚しく、幾重もの防衛網を易々と突破した〈グランドリバース〉は、悠然と地球の新首都へと降下したのである。

音も無く出現する降下兵の群れ。上陸する多脚戦車。瞬く間に首都は制圧されてゆく。もはや地球には抗う術はないのか――。

そのとき旧ヤマト艦隊クルーに極秘指令が下った。
「ヤマトへ集結せよ!!」

そこに聞こえてくる謎の歌声。「帰ってきた」と呟く謎の男。果たして侵略者の驚くべき正体とは!?
人類の命運を賭けて、いま未踏の時空へと宇宙戦艦ヤマトの航海が始まる。

第一章　黒の侵略　あらすじ

第一話 
「秘密作戦発動！ 新ヤマトへ向かえ!!」

時に西暦2207年。突如太陽系に侵入した巨大物体〈グランドリバース〉が、幾重もの防衛網を突破し地球・新首都へと降下を果たした。未曾有の事態に、古代進を始めとする旧ヤマト艦隊クルーに密かに指令が下る。「ヤマトに集結せよ!!」果たしてその言葉の意味とは――!?

第二話 
「静かなる侵略・銀河よ武器をとれ！」

それは2年前にヤマトが遭遇した敵・デザリアムによる地球侵攻だった。彼らに内通する一派により、地球防衛軍司令部は無力化されてゆく。無数の降下兵により戦渦に包まれる新首都で、からくも再会を果たした古代と雪。しかし愛するふたりには悲劇が待ち構えていた……。

第二章　赤日の出撃　あらすじ

第三話 
「衝撃！ デザリアム暗黒の千年史」

新都での戦闘は終結した。戦いの傷跡が残る都市を見下ろすようにそびえるグランドリバースで、デザリアムの聖総統スカルダートは、彼らの千年に及ぶ歴史を語り始める。彼らの正体とは!?

第四話 
「号砲一発！！ 新・宇宙戦艦ヤマト始動」

地球圏を脱したアスカは、イカルス天文台へ辿り着いた。そこには新生・宇宙戦艦ヤマト、そしてイスカンダル王族の忘れ形見――雪を失った古代進にとって唯一の家族サーシャが待っていた。

第五話 
「激突！透明戦艦を叩け!!」

デザリアムに同調する者と反発する者、さまざまな思惑のなか彼らの地球入植が開始された。一方、第11護衛隊の捜索にあたるヤマトを戦艦グロデーズが急襲する。透明な敵を相手にどう戦うのか!?

第六話 
「アルフォン潜入！サーシャを取り戻せ!!」

雪を失い精彩を欠く古代は艦長職を解任。そんなおり再びグロデーズがヤマトに陽動を仕掛け、デザリアムの情報部将校アルフォンが乗り込んでくる。目的は［イスカンダルの欠片］だった――!!

第三章　群青のアステロイド　あらすじ

第七話 
「魔のオルフェ宙域・ヤマト、奇襲に賭けろ！」

デザリアム本星を目指すヤマトはオルフェ宙域へと進入した。グロデーズ率いる艦隊が奇襲するが、それこそ山南艦長の狙いだった。新装備・全天球レーダー室を以て、ヤマトが逆襲に転じる！！

第八話 
「宇宙戦艦アリゾナ始動！デザリアムの正体を暴け！！」

地球に残されたパルチザンの手により、デザリアムに対する大規模な反抗作戦が実行される。目標は南部の父が主催する政財界のパーティ。作戦の要となるのは、ドックに眠る新造戦艦アリゾナ！！

第九話 
「引き裂かれた友情！ヤマト、決死の亜空間突破！！」

デザリアムの策略により、地球で高まるガミラス排斥の動き。両国の緊張が高まるなか、ヤマトはガルマン・ガミラスの領域に繋がる亜空間ゲートに到達した。ガルマン星系でヤマトを待つものは！？

第十話 
「デウスーラⅢ猛攻！脅威のアステロイド作戦！！」

デウスーラⅢとの戦闘を余儀なくされてしまったヤマト。戦いを避けようとするヤマトに、デウスーラⅢの猛攻が迫る。土門はヤマトを古代に託し、揚羽と共にコスモハウンドを出撃させる――。

第四章　水色の乙女　あらすじ

ガミラスの新たな故郷・ガルマン星へ。
そこで待っていたのはデスラー総統だけではなかった。

17歳へと成長したサーシャ。
かつて失われた幼い少女との、ありえない再会。
戸惑いと喜びの狭間で、古代の心は揺れる。

一方、地球ではマザー・デザリアムの計画が新たな段階を迎えていた。
策謀渦巻く社交の場に現れたのは、ドレスに身を包んだ雪。
敵であるアルフォンに寄り添う彼女の胸に秘めた覚悟とは――。

ガルマン星系にはボラー連邦に従うバース星のラジェンドラ艦隊が侵入。
ヤマトは、二大勢力の紛争に巻き込まれていく。

迫り来る惑星破壊ミサイル。
果たして、ヤマトはガルマン星を救い、「ウラリアの魔女」の正体に迫ることができるのか――！？