時に西暦2207年。あのガミラス本星とイスカンダル星が消滅した事件から二年――。

突如、太陽系に謎の巨大物体〈グランドリバース〉が出現した。
地球防衛軍の善戦虚しく、幾重もの防衛網を易々と突破した〈グランドリバース〉は、
悠然と地球の新首都へと降下したのである。

音も無く出現する降下兵の群れ。上陸する多脚戦車。瞬く間に首都は制圧されてゆく。
もはや地球には抗う術はないのか――。

そのとき旧ヤマト艦隊クルーに極秘指令が下った。
「ヤマトへ集結せよ!!」

そこに聞こえてくる謎の歌声。「帰ってきた」と呟く謎の男。
果たして侵略者の驚くべき正体とは!?
人類の命運を賭けて、いま未踏の時空へと宇宙戦艦ヤマトの航海が始まる。

時に西暦2207年。あのガミラス本星とイスカンダル星が消滅した事件から二年――。

突如、太陽系に謎の巨大物体〈グランドリバース〉が出現した。
地球防衛軍の善戦虚しく、幾重もの防衛網を易々と突破した〈グランドリバース〉は、悠然と地球の新首都へと降下したのである。

音も無く出現する降下兵の群れ。上陸する多脚戦車。瞬く間に首都は制圧されてゆく。もはや地球には抗う術はないのか――。

そのとき旧ヤマト艦隊クルーに極秘指令が下った。
「ヤマトへ集結せよ!!」

そこに聞こえてくる謎の歌声。「帰ってきた」と呟く謎の男。果たして侵略者の驚くべき正体とは!?
人類の命運を賭けて、いま未踏の時空へと宇宙戦艦ヤマトの航海が始まる。

第一章　黒の侵略　あらすじ

第一話 
「秘密作戦発動！ 新ヤマトへ向かえ!!」

時に西暦2207年。突如太陽系に侵入した巨大物体〈グランドリバース〉が、幾重もの防衛網を突破し地球・新首都へと降下を果たした。未曾有の事態に、古代進を始めとする旧ヤマト艦隊クルーに密かに指令が下る。「ヤマトに集結せよ!!」果たしてその言葉の意味とは――!?

第二話 
「静かなる侵略・銀河よ武器をとれ！」

それは2年前にヤマトが遭遇した敵・デザリアムによる地球侵攻だった。彼らに内通する一派により、地球防衛軍司令部は無力化されてゆく。無数の降下兵により戦渦に包まれる新首都で、からくも再会を果たした古代と雪。しかし愛するふたりには悲劇が待ち構えていた……。

第二章　赤日の出撃　あらすじ

遂に新都湾岸部にデザリアムの巨大移動要塞〈グランドリバース〉が降着した。
地球を制圧したデザリアム・聖総統スカルダートは「われわれはあなたです」と人々に1000年に及ぶ歴史を説く。彼らは破滅へと向かう地球の未来を変えるため“イスカンダルの欠片”を探していた。

驚くべきことに、彼らは“敵”ではなかったのである!!

一方、旧ヤマト艦隊クルーは、新生・宇宙戦艦ヤマトが待つイカロス天文台へと到達していた。しかし森雪を失った古代進は、失意のあまり指揮できる状態にはない。デザリアムのアルフォン少佐の手で、愛する雪が介抱されていたとは知る由もなく……。

果たしてデザリアムとは何者なのか!?　その本当の目的とは!?
全ての謎の答えを求めて、いまヤマトが発進する!!